Die Kirche verfügt über eine 1996 fertiggestellte Orgel der Bautzener Orgelbaufirma Eule. Sie umfasst 51 Register auf 3 Manualen und Pedal mit zwei Manual- und drei Pedalkoppeln. Weiterhin gibt es drei Kanaltremulanten und 2 Zimbelsterne. In der Disposition und Intonation sowie der Gestaltung des Prospektes orientierte man sich an zwei historischen Orgeln, die in der St. Nikolai-Kirche einst standen: einer Wagner-Orgel (1732) und einer Orgel des Orgelbauers Ladegast (1880). Nach der Renovierung und Überarbeitung der Orgel im Jahr 2014 wurde der Klang der Orgel, gespielt von Bernhard Kruse, neu aufgenommen.
| Hauptwerk | Oberwerk | Hinterwerk | Pedal |
| (1. Manual) C-g3 | (2. Manual) C-g3 | (3. Manual) C-g3 | C-f3 |
| Prinzipal 8’ Bordun 16’ Viola da gamba 8’ Hohlflöte 8’ Rohrflöte 8’ Traversflöte 4’ Spitzflöte 4’ Oktave 4’ Quinte 2 2/3’ Oktave 2’ Cornett 5fach Mixtur 5fach Cimbel 3fach Fagott 16’ Trompete 8’ Tremulant |
Prinzipal 4’ Traversflöte 8’ Gedackt 8’ Quintadena 8’ Rohrflöte 4’ Quinte 2 2/3’ Oktave 2’ Waldflöte 2’ Terz 1 3/5’ Quinte 1 1/3’ Scharff 4fach Vox humana 8’ Tremulant |
Prinzipal 8’ Lieblich Gedackt 16’ Unda maris 8’ Saliconal 8’ Lieblich Gedackt 8’ Fugura 4’ Oktave 4’ Nasat 2 2/3’ Flageolet 2’ Echocornett 5 fach Mixtur 4fach Trompete 8’ Oboe 8’ Tremulant |
Prinzipal 16’ Subbass 16’ Violon 16’ Oktavbass 8’ Gemshorn 8’ Quinte 5 1/3’ Oktave 4’ Mixtur 6fach Posaune 16’ Trompete 8’ Clarion 4’ |
Koppeln: OW – HW, HiW – HW, HW – Ped., Ow – Ped., HiW – Ped.,
4×128 Setzerkombinationen